In der Pariser Staatsoper werden mehrere Menschen von einem riesigen Kronleuchter erschlagen. Einige Drohbriefe weisen auf einen Mord hin. Daraufhin werden wir von Operndirektor Brie als Detektiv eingestellt. Nachdem er uns gedankt hat, bittet er uns um Unterstützung bei der Aufklärung der mysteriösen Todesfälle. Ausserdem erhalten wir einige wichtige Informationen. Wir begeben uns in den Raum unter der grossen Bühne. Dort schieben wir die Treppe unter die geschlossene Luke, öffnen diese mit Hilfe des Schalters rechts neben der Tür und klettern auf die Bühne. Wir gehen nach rechts und finden dort einen gelben Farbfilter. Auf der linken Seite treffen wir auf Charles, mit dem wir reden.
Danach geht's die Wendeltreppe hinter der Bühne rauf, wo wir beinahe von einem Sandsack erschlagen werden. Wir nehmen den blauen Lichtfilter oben links und finden wenig später eine Nachricht vom Phantom. Im ersten Geschoss unter der Treppe finden wir den roten Lichtfilter. Oben betreten wir den Umkleideraum. In der ersten Tür der ersten Etage unterhalten wir uns mit Julie Giry. Von ihr erhalten wir einen Hinweis auf ein Buch ihrer Urgrossmutter über das Phantom. Danach geht es noch eine Etage höher wo wir mit Christine Florent über deren merkwürdigen Träume reden.
Nun gehen wir zum Direktor, mit dem wir über das Buch sprechen. Nach dem Gespräch suchen wir im Nebenraum das Buch. Wir finden es im linken Regal. Danach betrachten wir die zerbrochene Vitrine und erstatten dem Direktor berichten. Plötzlich hören wir einen Schrei aus den Umkleideräumen. Julie sagt uns, das das Phantom über die Wendeltreppe nach oben geflohen ist. Dort angekommen gehen wir nach links und werden vom Phantom über die Brüstung geworfen.
Wir erwachen nicht im Himmel, sondern am 24. Juni 1881 in den Armen von Christine Daae als Raoul de Chengny auf. Als erstes besorgen wir uns die drei Lichtfilter, die wir an den alten Plätzen wiederfinden. Danach heben wir hinter Bühne den Haken neben der Kiste auf und gehen über die Wendeltreppe in die Etage unter der Bühne. Dort nehmen wir die Lampe auf dem Tisch an uns. Nun steigen wir in den Keller darunter hinab und nehmen das Seil, welches wir mit dem Haken verbinden. Im Raum mit der bewegbaren Treppe unterhalten wir uns mit Jacques, der uns einige Dinge berichtet. Nun gehen wir zum Direktor. Auf dem Weg dorthin treffen wir auf einen Maler, dem wir weiterhelfen.
Nach dem Gespräch mit dem Direktor, der uns das Neueste vom Phantom erzählt, gehen wir zu den Logen und bitten Madame Giry, uns die Box Nr. 5 zu öffnen. Dort untersuchen wir die linke Säule, woraufhin eine verschlossene Geheimtür zum Vorschein kommt. Wir nehmen noch die Nachricht vom Phantom mit, bevor wir die Box verlassen. Auf dem Weg zu den Umkleideräumen hören wir ihre Stimme und unterhalten uns mit ihr, bis sie uns darum bittet, den Raum zu verlassen. Etwas verwundert bleiben wir vor der Tür stehen und belauschen sie. Als wir bemerken, dass die Tür verschlossen ist, nehmen wir die Axt die neben uns hängt, und brechen damit die Tür auf. Doch Christine ist nicht mehr da. Wir gehen zum Direktor und melden es ihm. Plötzlich taucht sie wieder auf und erklärt uns, das sie ein Logenticket für uns an der Kasse zurückgelegt habe. Wir gehen zur Kasse und erhalten einen Umschlag. Wir öffnen ihn und betrachten den Inhalt.
Das Ticket zeigen wir Madame Giry. Sie öffnet uns daraufhin die Loge, wo wir uns hinsetzen. Während der Show wird Christine Daae vom Phantom entführt. Danach gehen die in den Raum unter der Bühne. Dort finden wir den ermordeten Jacqüs. Neben ihm liegt ein Schlüssel, den wir mitnehmen. Damit können wir die Geheimtür in der Box 5 öffnen. Danach klettern wir die Leiter hinab und gehen durch die untere Tür.
Wir zünden die Lampe an und betreten die Katakomben. Danach geht es: hoch, rechts, rechts, hoch, rechts, rechts, rechts, rechts, links. Nun sind wir am Kanal. Von da aus geht es nach links, hoch, hoch, links, hoch, hoch, hoch, rechts, hoch, rechts, rechts, runter, rechts, rechts, rechts, rechts, hoch. Wir sehen ein Skelett und klauen ihm das Schwert. Um die Tür zu öffnen, müssen wir das Schalterbrett rechts neben ihr die Hebel 5, 18, 9, 11 drücken. Dies entspricht dem Alphabet nach dem Namen Erik. Im Gang dahinter durchtrennen wir das Spinnennetz mit dem Schwert. Dann geht es nach links, links, links, hoch, rechts. Wir gehen durch die rechte Tür, wo wir eine Maske zusammensetzen müssen und dann mit Hilfe von Haken und Seil durch die Luke in der rechten oberen Ecke flüchten.
Hinter der verschlossenen Tür hören wir Christine. Die Tür öffnen wir, indem man Bachs Gigue from French Suite No. 5 auf der Orgel spielt. Um Christine aus der Kapsel zu befreien, schliessen wir den Sarg mit dem Schlüssel auf und drücken die drei Totenköpfe von rechts hintereinander. Nun öffnet sich die Kapsel und Christine steigt heraus. Nachdem sie uns alles erzählt hat, gibt sie uns einen Ring und wir verschwinden. Im nächsten Raum treffen wir auf das Phantom. Wir greifen es mit dem Schwert an, woraufhin es verschwindet. Wir nehmen die Notenblätter von der Orgel und verlassen den Raum. Nun schnappen wir uns das Ruder und gehen zum Boot. Während unserer Bootsfahrt erzählt uns Christine alles. Nach der Bootstour gehen wir wieder in Box 5, wo wir allerdings vom Phantom erwartet werden und von ihm niedergeschlagen werden. Wieder einmal verschleppt es Christine. Wir finden beide wieder, indem wir die Leiter hinter der Geheimtür nach oben klettern und durch die Tür gehen. Dort laufen wir bis zu dem Loch im Boden, das zum Kronleuchter führt. Dort stellen wir das Phantom. Anfangs sind wir unterlegen, doch das ändert sich, wenn wir den Stock wegdrücken und dem Phantom die Maske abnehmen. Daraufhin stürzen wir in die Tiefe.
Wieder in der Gegenwart, reden wir mit Christine und Direktor Brie und lesen erneut das Buch. Geschafft!